Ученые извлекли почти полный геном ВИЧ-1 из лимфатического узла

Ученые извлекли почти полный геном ВИЧ-1 из лимфатического узла, который хранился в воске более 50 лет. Образец как самый старый еще не восстановленный геном ВИЧ-1, предшествуя предыдущему самому старому образцу на десятилетие.

Вирус ВИЧ-1 был впервые обнаружен в 1983 году, через 17 лет после того, как зараженный лимфатический узел был собран у 38 - летнего мужчины в Демократической Республике Конго, после удаления образца патологоанатомы зафиксировали ткань в формалине и поместили ее в воск, прежде чем убрать ее на полвека. Многие образцы тканей этого типа были заархивированы в надежде лучше понять неизвестную тогда болезнь.

Ученые обнаружили лимфатический узел, размером не больше ногтя, во время прочесывания более 1600 образцов тканей в Университете Киншасы в поисках фрагментов генома ВИЧ. Среди обильных образцов только лимфатический узел содержал следы вируса. Процесс консервации оставил РНК разорванной и неровной, но команде удалось извлечь и собрать достаточно фрагментов, чтобы сформировать почти полный геном.

Образцы ВИЧ, полученные в 1959 и 1960 годах, показали, что вирус присутствовал в регионе задолго до его открытия, но мало РНК можно было извлечь из любого образца. Геном 1966 года напоминает наиболее распространенный подтип ВИЧ, называемый C, но, по-видимому, является двоюродным братом этой группы вирусов.

“Есть очень сложные эволюционные модели, которые можно использовать, чтобы проследить, что произошло в истории, но они все еще модели. Со старым генетическим материалом вы можете увидеть, какой была реальность на самом деле", - добавляет соавтор Софи Гризилс, постдок в лаборатории Воробея.

Команда использовали вирус против эволюционных моделей линии ВИЧ, которые ученые реконструировали из современных данных и фрагментарных доказательств геномов предков. Исследователи обнаружили, что смоделированная временная шкала почти совпала с их: они оценивают, что вирус возник в Центральной Африке между 1896 и 1905 годами, в то время как предыдущие оценки помещали дату вокруг 1920-х годов.     

“Хотя его открытие существенно не меняет нашу нынешнюю модель ранней генетической истории пандемии СПИДа, оно повышает нашу уверенность в выводах, ранее сделанных из современных и частичных последовательностей генов ВИЧ", - говорит Оливер Пайбус, профессор эволюции и инфекционных заболеваний Оксфордского университета.

Почти полный геном должен способствовать пониманию учеными того, какие факторы способствовали возникновению ВИЧ, а затем привели к пандемии ВИЧ/СПИДа, полагают авторы.  

Почему нас интересуют окаменелости? Потому что они рассказывают историю”, - рассказывает The Atlantic Беатрис Хан, которая исследует эволюцию ВИЧ в Медицинской школе Перельмана Университета Пенсильвании. "Эта" окаменелость " ВИЧ ничем не отличается. Это важная часть эволюционной головоломки.”